As grandes coberturas, que marcaram o trabalho da Editoria de Ciência/Meio Ambiente nesses dez anos, resultaram na conquista de prêmios. O mais importante deles foi o 17º Prêmio José Reis de Divulgação Científica, em 1997, concedido pelo CNPq.

O prêmio foi entregue ao diretor superintendente do Sistema Jornal do Commercio de Comunicação, Eduardo Lemos, durante a 49ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC), em Belo Horizonte, "pela qualidade, continuidade e consistência do trabalho desenvolvido por suas equipes de reportagem e pelas matérias publicadas regularmente desde a criação da editoria, em 1989".

O primeiro prêmio conquistado pela editoria foi o Cristina Tavares, em 1994, promovido pelo Sindicato dos Jornalistas de Pernambuco. A vencedora foi a repórter Maria Luíza Borges, hoje editora de Economia do JC, com a série de reportagens "Ciência X Fome". O trabalho abordava pesquisas que minimizariam e até solucionariam o problema da fome no Nordeste, mas que não tiveram seus resultados aproveitados.

"Em 1997, o JC ganhou o prêmio "UFPE - 50 Anos", em comemoração ao meio século da Universidade Federal de Pernambuco, com a série de reportagens "Ciência Aplicada", da repórter Verônica Falcão. O trabalho mostrou exemplos de transferência de tecnologia bem-sucedidos nas áreas de informática, física, química, bioquímica e matemática da UFPE.

Em fevereiro do ano seguinte, a repórter Verônica Falcão foi selecionada para participar do programa de bolsas da Associação Americana para o Avanço da Ciência (AAAS), que escolheu dois jornalistas brasileiros, um argentino e um chileno. A equipe cobriu a 150ª Reunião da AAAS, na Filadélfia (Pensilvânia), e conheceu o trabalho de edição da revista científica Science, em Washington.

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