A defesa que o Jornal do Commercio fazia da República Velha, um período marcado pela política café com leite (ora o presidente era paulista e ora mineiro), custou caro ao jornal. Durante a Revolução de 1930, liberais destruíram as oficinas e a redação, e jogaram máquinas de escrever pelas janelas. Depois do empastelamento de 5 de outubro daquele ano, o jornal passou quatro anos sem circular.

Além de quebrarem todas as máquinas, os invasores espalharam 280 fontes de tipo, apoderaram-se de 170 bobinas de papel, três contos de réis em prata e 25 contos de réis em apólices. A casa dos Pessoas de Queiroz, na Boa Vista, foi incendiada. Os irmãos João, José e Francisco se afastaram do estado, ficando este último dois anos em Paris, onde trabalhou como taxista.

A invasão do jornal ocorreu dois meses depois que o governador da Paraíba, João Pessoa, foi assassinado com um tiro de revólver. O crime aconteceu no dia 26 de julho, na Confeitaria Glória, localizada na rua Nova, e foi cometido pelo advogado João Dantas por questões pessoais.

O governador era um defensor da República Nova e, no Nordeste, liderou o movimento revolucionário contra a política café com leite. Embora fosse primo dos fundadores do jornal, sua posição foi duramente combatida pelo JC, que chegou a acusá-lo de contrabandear munições para os seus aliados, e pediu a intervenção federal na Paraíba.

Firme na oposição ao governo paraibano, o jornal apoiou o levante comandado pelo "coronel" José Pereira, que chegou a declarar a independência de Princesa Isabel. Esta cidade ao sul da Paraíba, fazia fronteira ao município pernambucano de Triunfo. No editorial de 14 de março de 1930, o JC condenou a atitude de João Pessoa, contra os jagunços de Pereira.

Dizia o texto: "...as nossas simpatias se voltam para a causa defendida pelo deputado José Pereira, que é a causa de milhares de paraibanos que o presidente da Paraíba jurou exterminar, pelo grande crime de os mesmos não lhe terem dado um só voto nas últimas eleições. Estamos com os oprimidos contra o seu algoz...".

O empastelamento do jornal foi realizado dois dias depois da revolução ter eclodido no Rio Grande do Sul, território comandado por Getúlio Vargas, principal defensor de uma república nova. Embora ele tenha se candidato à sucessão de Washington Luís (1926 a 1930), último presidente da política até então vigente, foi derrotado pelo candidato da situação, o governador de São Paulo, Júlio Prestes. A derrota de Vargas foi surpreendente. Ele obteve 737 milvotos e Prestes mais de um milhão e cem, deixando claro a existência de fraude na eleição.

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