A comemoração oficial dos 500 anos do descobrimento, em Porto Seguro (BA), foi marcada por conflitos entre a Polícia Militar baiana e índios, estudantes, além de integrantes do Movimento dos Sem Terra, que queriam protestar contra o Governo de Fernando Henrique Cardoso.

Durante os conflitos, 141 pessoas foram presas. Um grupo formado por cerca de 40 índios, levando uma faixa preta em sinal de luto simbólico, invade, em 26 de abril, a Missa dos 500 Anos de Evangelização, celebrada na Praia de Coroa Vermelha, o mesmo local da primeira missa, no dia 26 de abril de 1500, em Porto Seguro.

O ato contrariou a orientação do Vaticano para despolitizar a cerimônia.

A missa foi celebrada pelo enviado especial do papa, o cardeal Angelo Sodano, o segundo homem na hierarquia do Vaticano e co-celebrada por quase 300 bispos, entre os quais vários convidados do exterior. Um dos mais conhecidos era o dom Ximenes Belo, do Timor Leste, ganhador do Prêmio Nobel da Paz em 1996.

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