A temporada de 2000 é para ser esquecida pela torcida alvirrubra. Tudo deu errado no futebol. O Náutico completou 11 anos sem conquistar um Campeonato Pernambucano. A diretoria contratou quase 70 jogadores, sem resultado. A crise chegou a tal ponto que o presidente Fred Oliveira terminou renunciando no dia 20 de dezembro, com o vice André Campos assumindo.

Além da crise política, o clube passa por uma grande dificuldade financeira. Os salários dos jogadores estão atrasados há cinco meses e muitos deles não retornam. Na Justiça do Trabalho o débito chega aos R$ 4 milhões.

Nem tudo, no entanto, foi ruim. O Departamento de Marketing, com o vice Jorge Queiroz conseguiu alguns contratos e lançou os novos uniformes junto a Finta. A novidade é o padrão todo o vermelho. Além disso, o Conselho Deliberativo aprovou o novo estatuto para modernizar o clube. O patrimônio também cresceu, especialmente o Centro de Treinamento da Guabiraba.

Para 2001 a diretoria promete sanear as finanças e fazer uma grande festa no ano do centenário.

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