Dois anos depois de ser apresentada como moto conceitual, no Salão de Milão de 2003, a Yamaha MT-03 torna-se um modelo de produção. Embora tenha abandonado algumas soluções ousadas, como os faróis, lanterna e luzes de direção compostos por LEDs, mantém a proposta de somar um estilo robusto, o motor da XT 660 R e a parte ciclística de uma esportiva, com rodas de 17 pol, pneus para asfalto e grandes freios a disco. Curioso é o amortecedor traseiro, montado à direita do motor em posição horizontal: de certo modo lembra o sistema Cantilever das antigas Yamahas de uso misto, cross e enduro, incluindo a DT 180 brasileira, mas naquelas a peça ficava escondida sob o tanque. O motor de um cilindro e quatro válvulas com injeção desenvolve, na MT-03, potência de 45 cv a 6.000 rpm, pouco menos que na XT. O peso a seco é de 174,5 kg.