Os médicos costumam chamar de menopausa prematura o fim das funções reprodutivas femininas de origem conhecida. É o que acontece com mulheres portadoras de algum tipo de câncer, que tiveram de se submeter a tratamento quimioterápico ou radioterápico. As duas terapias danificam os ovários e acabam com a fecundidade feminina. A remoção cirúrgica dos ovários é a segunda causa de menopausa prematura. Tanto a "menopausa cirúgica", como é denominado pelos médicos o processo provocado pela extração dos ovários, quanto a que resulta de tratamentos anti-câncer produzem sintomas intensos de calores e suores bem como secura vaginal e demais desconfortos que caracterizam a menopausa propriamente, porque a queda na produção hormonal é radical e brusca.

Quando a menopausa ocorre antes dos 40 anos sem causa aparente, os médicos preferem identificar o processo como falência ovariana prematura ou FOP. Os desconfortos da transição, neste caso, ocorrem gradualmente, como na menopausa natural. Os ciclos menstruais tornam-se irregulares e os calores, suores e outros distúrbios típicos do desequilíbrio hormonal começam de forma branda, no início e recrudescem como na fase normal de transição ou perimenopausa.
A falência ovariana prematura pode ter causas genéticas ou ser consequência de doença auto-imune como a artrite reumatóide, o lupus e o diabetes. A doença auto-imune leva o organismo a desenvolver anticorpos que, em alguns casos, afetam o sistema reprodutivo e inteferem com os hormônios que regulam a ovulação e demais funções ovarianas. Estudos feitos nos Estados Unidos dão conta de que dois terços das mulheres com falência ovariana prematura sofrem de alguma doença auto-imune