Na administração oral os hormônios passam pelo sistema gastrointestinal e pelo fígado antes de atingir a corrente sanguínea. Em decorrência, uma pequena fração de estrogênios chega à circulação. Por exemplo, cerca de 95% do estrogênio estradiol oral é metabolizado no fígado, onde é convertido em uma forma biológicamente menos ativa, a estrona. Esse processo é conhecido como efeito da primeira passagem. A oferta menor de estrogênios depois da metabolização pelo fígado exige a ingestão de uma dose maior da substância em relação as outras vias de administração.

A via oral também contribui para aumentar a produção no fígado de certas proteínas que podem causar efeitos colaterais adversos, particularmente quando as moléculas de estrogênio não são idênticas as do estradiol produzida pelo organismo, mas modificadas ou derivadas de estrogênios equinos conjugados. Estes últimos podem aumentar a síntese de certas substâncias coagulantes do sangue e angiotensinogênicas, ou seja, responsáveis pela elevação da pressão arterial.

A via oral oferece a facilidade de ajuste na administração da terapia.Nas formulações que exigem a ingestão diária do hormônio o tratamento pode ser interrompido ou a dosagem reduzida de um dia para outro em caso de efeitos colaterais adversos. Quando a dosagem original não produz resultado, também é possível aumentá-la de uma dia para outro.

A via oral ainda produz aumento rápido no nível de colesterol bom, o HDL e a diminuição no nível do colesterol ruim, o LDL. Ambos os efeitos contribuem para reduzir o risco de doenças cardiovasculares.

Os estrogênios introduzidos por essa via atingem a circulação depois de penetrar pelos pequenos vasos sanguíneos. Eles também passam pelo fígado, mas em concentrações menores, insuficientes para produzir os efeitos colaterais verificados na via de oral. Podem ser aplicados diariamente ou em formulações para períodos longos entre uma aplicação e outra como um mês.

As doses diárias são geralmente usadas para eliminar os sintomas vasomotores severos que acompanham a remoção cirúrgica dos ovários, ou ovariectomia. A exemplo do uso oral, a injeção diária dos hormônios pode ser interrompida ou sua dosagem modificada rapidamente, em presença de efeitos indesejáveis. A aplicação mensal não tem a mesma vantagem.

Adesivos: é um dos tipos de administração percutânea. Colado à pele, o adesivo libera pouco a pouco o estrogênio ou uma combinação de estrogênio e progesterona, que deve ser usado por mulheres com útero. É comum encontrar produtos com ambos -- os adesivos acompanhados pela quantidade de comprimidos de progesterona necessária ao regime da TRH. A irritação da pele é o efeito adverso possível mas não muito comum nesse tipo de regime hormonal. Os adesivos devem ser trocados em intervalos de 3 dias a uma semana, dependendo do produto. O tratamento pode ser interrompido imediatamente com a retirada do adesivo, se for necessário.

Cremes: é o outro tipo de administração transdérmica. Os adesivos são hoje muito mais populares do que os cremes.

Tópica: é a via de administração dos cremes vaginais com efeito localizado, para aliviar sintomas como o ressecamento da mucosa da vagina e seus efeitos adversos. A maioria das formulações dessa categoria contém apenas o estrogênio estriol, de ação biológica mais fraca.