Filha de Charles Jones e Romilda Padula, ele descendente de imigrantes americanos e ela italiana, fruto do que se costumava chamar "salada paulista", nasceu Rita Lee Jones no último dia do ano de 1947. Assim como suas irmãs mais velhas, Mary e Virginia, recebeu o nome Lee em homenagem ao famoso General Lee.

Rita sempre mostrou interesse pela música. Fugindo da rigidez imposta pelo pai, deliciava-se com polcas e clássicos ligeiros que saíam do piano da mãe. Brincando, juntava-se às irmãs para formar trios vocais, embora entrasse em pânico nos recitais que sua professora de piano Madalena Tagliaferro promovia.

Na adolescência, Rita se trancava no quarto já de pijama, pronta para dormir. O que a família não sabia era que ela pulava a janela para apresentar-se tocando bateria em festas de escola. Em uma dessas escapadas, porém, teve crise de apendicite aguda, sua família foi chamada pela direção e a descoberta, inevitável. Apenas um dos muitos sustos que viriam a seguir. O maior foi quando pediu ao pai uma bateria Caramuru ao invés do tradicional baile de formatura, sonho de onze entre dez adolescentes da época.